Struktur Organisasi LPM IAIN Kendari Periode 2023 - 2027
| Ketua | Dr. Samrin, M.Pd.I. |
| Sekretaris | Dr. Akbar, M.Th.I. |
| Kepala Pusat Audit dan Pengendalian Mutu | Dr. Sodiman, S.Ag., M.Ag. |
| Kepala Pusat Pengembangan Standar Mutu | Halmuniati, S.Pd., M.Pd. |
| Arsiparis | Abdurrahman, S.Ag., M.Pd.I. |
| Pengelola Website | Tandri Patih, M.Si. |
| Pengelola Survey | Wa Alimuna, SP., M.Sc. |
| Staf | Susanti, S.Pd., M.Pd. |
| Staf | Zuhriatul Aini, M.Pd. |
Struktur Organisasi LPM IAIN Kendari Periode 2019 - 2023
| Ketua | Dr. Azliah Zainal, M.A. |
| Sekretaris | Isna Humaerah, M.Pd. |
| Kepala Pusat Audit dan Pengendalian Mutu | Dr. Sodiman, S.Ag., M.Ag. |
| Kepala Pusat Pengembangan Standar Mutu | Sri Hadijah Harnus, M.Si. |
| Arsiparis | Abdurrahman, S.Ag., M.Pd.I. |
| Pengelola Website | Dewi Santri, M.Si. |
| Pengelola Survey | Tandri Patih, M.Si. |
| Staf | Zuhriatul Aini, M.Pd. |
Struktur Organisasi LPM IAIN Kendari Periode 2014 - 2019
| Ketua | Dr. H. Muh. Ikhsan, M. Ag. |
| Sekretaris | Sitti Syakirah Abu Na was, M.Th.I. |
| Kepala Pusat Audit dan Penjaminan Mutu | Sodiman, S.Ag., M.Ag. |
| Kepala Pusat Pengembangan Standar Mutu | Akmal, M.EI. |
| Kasubag | Abdurrahman, S.Ag., M.Pd.I. |
| Staf | Nirmala |
Struktur Organisasi Pusat Penjaminan Mutu Pendidikan (PPMP) STAIN Kendari
Periode 2010 - 2013
| Ketua | Dr. H. Moh. Yahya Obaid, M.Ag. |
| Sekretaris | – |
| Kepala Pusat Audit dan Penjaminan Mutu | – |
| Kepala Pusat Pengembangan Standar Mutu | – |
| Kasubag | – |
| Staf | – |